Згідно із пунктом 131.2 статті 131 Податкового кодексу України (далі - Кодекс) при погашенні суми податкового боргу (його частини) кошти, що сплачує такий платник податку, у першу чергу зараховуються в рахунок податкового зобов’язання. У разі повного погашення суми податкового боргу кошти, що сплачує такий платник податку, в наступну чергу зараховуються у рахунок погашення штрафів, в останню чергу зараховуються в рахунок пені. Якщо платник податків не виконує встановлену цим пунктом черговість платежів або не визначає її у платіжному документі (чи визначає з порушенням зазначеного порядку), орган державної податкової служби самостійно здійснює такий розподіл такої суми у порядку, визначеному цим пунктом. Відповідно до абзацу першого пункту 87.9 статті 87 Кодексу у разі наявності у платника податку податкового боргу органи державної податкової служби зобов’язані зарахувати кошти, що сплачує такий платник податків, у рахунок погашення податкового боргу згідно з черговістю його виникнення незалежно від напряму сплати, визначеного платником податків. Підпунктом 2.3 пункту 2 розділу ІІ Інструкції про порядок нарахування та погашення пені за платежами, що контролюються органами державної податкової служби, затвердженої наказом ДПА України від 17.12.2010 №953 та зареєстрованої в Міністерстві юстиції України 27.12.2010 за № 1350/18645 (далі - Інструкція), визначено, що нарахування пені закінчується: у день зарахування коштів на відповідний рахунок Державного казначейства України та/ або в інших випадках погашення податкового боргу та/або грошових зобов’язань; у день проведення взаєморозрахунків непогашених зустрічних грошових зобов’язань відповідного бюджету перед таким платником податків; у день запровадження мораторію на задоволення вимог кредиторів (при винесенні відповідної ухвали суду у справі про банкрутство або прийнятті відповідного рішення Національним банком України); при прийнятті рішення про скасування або списання суми податкового боргу (його частини). У разі погашення суми податкового боргу (його частини) іншим, ніж визначено у підпунктах 2.3.1 – 2.3.4 пункту 2.3 цього розділу, шляхом, зокрема розстрочення (відстрочення) сум платежів, подання платником податків декларацій (у тому числі уточнюючих) з від'ємним значенням суми податкових зобов'язань тощо, нарахування пені закінчується датою фактичного здійснення такого погашення, зафіксованою у відповідних документах (підпункт 2.4 пункту 2 розділу ІІ Інструкції). Згідно із підпунктом 152 пункту 1 статті 14 Кодексу погашення податкового боргу - зменшення абсолютного значення суми такого боргу, підтверджене відповідним документом. Враховуючи викладене, при погашенні платником податків податкового боргу шляхом відмінним від сплати коштами на бюджетний рахунок, зокрема у разі подання уточнюючої податкової звітності про зменшення податкових зобов’язань та/або податкової звітності із заявленими сумами бюджетного відшкодування ПДВ (в т.ч. із напрямом відшкодування у зменшення податкових зобов’язань наступних податкових періодів), нараховані суми пені погашаються у загальному порядку.