Відповідно до п.2.3 Інструкціїї про порядок обчислення та внесення платежів за спеціальне використання рибних та інших водних живих ресурсів, затвердженої наказом Держкомрибгоспу України, Мінекономіки України, Мінфіну України, Мінекобезпеки України та ДПА України від 24.12.1999 pоку №167/156/299/300/650 (далі –Інструкція), розмір плати за спеціальне використання водних живих ресурсів обчислюється користувачем самостійно відповідно до п. 5 Порядку справляння плати за спеціальне використання рибних та інших водних живих ресурсів, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 06 квітня 1998 року № 449 зі змінами та доповненями (далі – Порядок). Якщо одночасно здійснюється спеціальне використання декількох видів водних живих ресурсів, то плата розраховується за кожний вид окремо. Обчислення плати за групу видів водних живих ресурсів, у тому числі й тих, що віднесені до крупного i дрібного частика, не розподіленого за видами риб, здійснюється за видом, що переважає в уловах. Аванс за спеціальне використання водних живих ресурсів уноситься користувачем після отримання повідомлення Держкомрибгоспу України про виділення квоти (п.2.4 Інструкціїї). Згідно з п.5 Порядку, плата за спеціальне використання рибних та інших водних живих ресурсів — це сума авансового платежу за одержання користувачами квот вилову в розмірі 5 відсотків вартості квоти, щоквартальна плата за фактичний вилов рибних та інших водних живих ресурсів із зменшенням на суму авансового платежу i витрат на здійснення в попередні періоди рибоводно-меліоративні роботи та роботи з відтворення рибних та інших водних живих ресурсів.У разі спеціального використання рибних та інших водних живих ресурсів, для яких не встановлено ліміти (квоти) на їх спеціальне використання, а також коли вилов зазначених ресурсів здійснюється без квотування в межах загального ліміту, розмір плати обчислюється на основі нормативів плати та фактичних обсягів вилову у звітному періоді. В таких випадках плата справляється щоквартально. Відповідно до п.2.6 Інструкціїї платежі за спеціальне використання водних живих ресурсів уносяться користувачем не пізніше 25 числа місяця, наступного за звітним кварталом.